1928年，学校因北伐战争而停办。战争结束后，南京国民政府教育部决定在原私立青岛大学校址上筹建国立青岛大学。1930年9月，国立青岛大学正式成立，文学家、教育家杨振声任校长。杨振声采取“兼容并包，民主办学”的方针，广聘知名专家、学者来校任教，学校声誉日隆、蜚声学界。在学科建设上，杨振声提出要渐次增设海边生物学、海洋学、气象学等与海洋有关的学科，并在生物学系重点发展海边生物学，矢志将学校建设成为中国海洋生物研究中心。此为中国海洋大学特色学科的第一个源头。这为后来学校海洋、水产等特色学科享誉国内外，青岛发展成为世界著名的海洋科技与教育城市奠定了基础。
这一时期的学科设置为：1930年，文学院设置了中国文学系、外国文学系、教育学系；理学院设置数学系、物理学系、化学系、生物学系。1931年将教育学系扩充为教育学院，下辖教育行政系、乡村教育系。
