20世纪80年代，学校着眼于国家和社会的需求，在重点保证海洋和水产学科发展的同时，大力调整学科和专业结构，促进基础学科、人文社会学科、应用学科以及新兴交叉学科发展。1988年，学校更名为青岛海洋大学。1994年实现了国家教委与山东省政府共建体制，获得重点支持，学校首批进入“211工程”序列。
这一时期的学科设置为：
1979年11月至1986年9月，共设9个系
物理海洋与海洋气象系（1980年原海洋水文气象系更名）、海洋物理系、海洋化学系、海洋地质系、海洋生物学系、海洋工程系、水产学系、应用数学系（1979年11月增设）、外语系（1983年9月增设）。
1986年9月至1988年3月，共设两个学部，13个系
水产学部——水产养殖系、海洋渔业系、食品工程系；
应用数学与管理学部——应用数学系、管理科学系、计算机科学与技术系。
物理海洋与海洋气象系、海洋物理系、海洋化学系、海洋地质系、海洋生物学系、海洋工程系、外语系。
