1949年6月2日青岛解放，国立山东大学获得新生。1951年国立山东大学与华东大学合并，定名为山东大学，华岗任校长兼党委书记。合校后学校规模空前壮大，形成了五院十八系和两个研究所的格局。学校逐步形成了“文史见长，加强理科，发展生物，开拓海洋”的办学特色，成就了学校历史上第二个黄金发展期。
1952年全国高等院校进行院系调整，厦门大学海洋系理化组的部分师生北迁青岛，与学校的海洋研究所合并，成立了海洋系。1953年9月，河北水产专科学校停办，部分师生和仪器并入学校水产系，水产学科力量进一步加强，成为学校的重点发展系科。
这一时期的学科设置为：
1949年至1951年，“五院十四系”
文学院——文史系、外国文学系；
理学院——数学系、物理系、化学系、动物学系、植物学系、地质矿物学系；
工学院——土木工程学系、机械工程学系、机电工程学系；
农学院——园艺学系、农艺学系、水产系。
医学院不分系。
1951年至1952年，“五院十八系”
文学院——中文系、外文系、历史系；
理学院——数学系、物理学系、化学系、动物学系、植物学系、地质矿物学系、水产学系；
工学院——土木工程学系、机械工程学系、机电工程学系；
农学院——园艺学系、农艺学系、病虫害学系。
医学院不分系。
两个直属研究所：历史语文研究所、海洋研究所。
两个直属系：政治系、艺术系。
1952年至1956年，设十系、一院
中国语言文学系、外国语言文学系（1955年取消）、历史学系、数学系、物理学系、化学系、动物学系、植物学系、水产学系、海洋学系、医学院。
1953年，动物学系与植物学系合并为生物学系。
1956年至1959年，设九个系。医学院独立为青岛医学院
中国语言文学系、历史学系、数学系、物理学系、化学系、生物学系、水产学系、海洋学系、地质学系（1958年创办）。
